Zamagurie
Celý región sa nachádza na území Pieninského národného parku a na území jeho ochranného pásma. Územie Pienin bolo vyhlásené za národný park v roku 1967, ale už v roku 1932 prielomová dolina s priľahlými lesmi okolo rieky Dunajec bola vyhlásená za Slovenskú prírodnú rezerváciu v Pieninách, ktorá spolu s poľským Pieninským národným parkom bola súčasťou prvého Medzinárodného parku v Európe.
Pieninský národný park ma výmeru 3 749 ha, jeho ochranné pásmo je 22 444 ha a tvorí ho celé územie Zamaguria. Vlastné územie národného parku tvorí časť bradlového pásma, ktoré obopína Vnútorné Západné Karpaty. Vyznačuje sa pestrou horninovou skladbou, ktorá je odrazom zložitých vývojových procesov. Klimatické výkyvy, činnosť vody, vetra i rušivá činnosť mrazu modelovali obraz Pienin a vytvorili bohato členený reliéf s hlbokými údoliami, tiesňavami i pozoruhodnými skalnými útvarmi. Na malej ploche sa striedajú stanovištia najrôznejšieho druhu, od slnečných prehriatych skál a suchých vrcholov po hlboké tienisté údolia a rokliny. Tieto prírodné danosti vytvorili priaznivé podmienky pre druhovú pestrosť rastlín a živočíchov a atraktívne prírodné prostredie pre oddych a rekreáciu.
Vyhláškou MŽP SR č. 319/2004 Z. z. sa s účinnosťou od 1. 6. 2004 ustanovili zóny Pieninského národného parku, ktoré podľa povahy prírodných hodnôt a na základe stavu biotopov rozčlenili územie na štyri zóny A, B, C, D. Tieto zóny nahradili maloplošne chránené územia. V ochrannom pásme Pieninského národného parku, ktoré má druhý stupeň ochrany, ostali zachované nasledovné maloplošné chránené územia
- Prírodná rezervácia Veľké Osturnianske jazero – jazero vzniklo zahradením zosunutých pôdnych vrstiev po sklonenom skalnom podloží na južnom svahu nevýrazného pohraničného hrebeňa Spišskej Magury nad obcou Osturňa. V závislosti od výšky vodnej hladiny sa tu striedajú vzácne taxóny vodných biotopov a prechodných rašelinísk.
- Prírodná pamiatka Malé jazerá – severozápadne nad obcou Osturňa sa od štátnej hranice s Poľskom vytvorila v dôsledku plazivých svahových zosuvov 20-30 m vysoká stena, ktorá asi 400 m dlhým valom zahradila dve menšie jazerá s nesúvislou vodnou hladinou. Východná časť jazernej panvy je prevažnú časť roka vyplnená vodou, západná časť má močaristý charakter. Nachádzajú sa tu vzácne biotopy prechodných rašelinísk.
- Prírodná rezervácia Jezerské jazero – prekrásne jazero s modrozelenou vodou vzniklo uprostred smrekového lesa prirodzeným zosuvom flyšových hornín. Od roku 1967 je vyhlásené za prírodnú rezerváciu. Nachádza sa pod hlavným hrebeňom Spišskej Magury na juh od obce Jezersko. Hĺbka jazera je priemerne 2 – 4 m, maximálna hĺbka okolo 7,5 metra. V brehovom pásme sa rozvíja typická bahenná a vodná vegetácia.
- Prírodná pamiatka – Jazero – leží v uzavretej kotline lemovanej lesom v nadmorskej výške 874 m asi 2 km na juh od obce Osturňa. Jazero vzniklo v dôsledku plazivých svahových deformácií, pri ktorých sa vytvorila výrazná rozsadlina vyplnená vodou. Jazero je bezodtokové.
Tatranský a podtatranský región
Tvorí ho zväčša vo voľná krajina, ale časť regiónu sa nachádza na území Tatranského národného parku, alebo v jeho ochrannom pásme. Tatranský národný park bol vyhlásený zákonom SNR č. 11/1948 Zb. o Tatranskom národnom parku zo dňa 18. decembra 1948 s účinnosťou od 1. januára 1949. Územie verejno-súkromného partnerstva do Tatranského národného parku zasahuje katastrálnymi územiami obcí Tatranská Javorina, Rakúsy a Ždiar. Časť katastrálnych území obcí Lendak, Spišská Belá, Rakúsy a Ždiar sú aj súčasťou ochranného pásma TANAP-u.
Najväčšie hodnoty národného parku tvorí sieť maloplošných chránených území, ktorú v záujmovom území predstavujú:
- Národné prírodné rezervácie – časti NPR Belianske Tatry Javorová dolina, Bielovodská dolina, Studené doliny, Mengusovská dolina, Velická dolina a Dolina Bielej vody v k.ú. Ždiar a Tatranská Javorina a časť NPR Mokriny v k.ú. Rakúsy.
- Prírodné rezervácie – Goliášová, Bor, Grapa, Pavlová, Čikovská.
V ochrannom pásme Tatranského národného parku sa nachádzajú chránené územia
- Národná prírodná rezervácia Belianske lúky, ktorá je zaradená medzi celoslovensky významné mokrade,
- Časť prírodnej rezervácie Pálenica v k.ú Lendak.
K najvážnejším problémom v tomto území je potrebné zaradiť pomerne silný antropický tlak na územie, ako aj nepriame antropogénne vplyvy, čo sa prejavuje o. i. úbytkom a vážnym ohrozením biologickej diverzity územia. Vo východnej časti katastra Spišská Belá sa nachádza lokalita Krivý kút, ktorá je taktiež zaradená medzi celoslovensky významné mokrade.
